חברי המנהיגות הרוחנית הם בעצם חברי העמותה. הם בוחרים וממנים שתי זרועות ביצועיות:
וועד מנהל (ככל עמותה),ונשיאות למערכת המשפט שלום ירושלים.
הקריטריונים להצטרפות למנהיגות הרוחנית הם:
א.ראש ישיבה (או כל מוסד תורני על תיכוני כגון כולל, מכינה, מדרשה)
ב. רב יישוב
ג. אב בית דין